木马清除大师防火墙除了具有网络防火墙的基本功能外，还对防治木马作了专门工作，内置智能识别引擎，每当有程序试图访问网络或者进行网络通信的时候，引擎会自动探测此连接是否可疑，并返回三个危险等级交给用户选择， 所以对电脑系统不熟悉的用户也能轻松使用木马清除大师防火墙，让木马没有任何可趁之机。木马清除大师防火墙还具有实时监测网络连线功能，能看到每个网络连接对应的进程路径，远程IP和网络速度，甚至还能查询远程IP对应的地理位置，有经验的用户可以根据远程端口，本地端口等判断网络连接是否可疑，如果怀疑是恶意行为，用户就可以随时禁止程序的联网行为，这是防范各种高级木马，Rootkit的利器。
现在很多软件因各种目的而连网，很多合法的P2P下载工具，在线电视软件会在后台偷偷上传大量流量，甚至在用户没有开启这些下载工具的时候，这些软件也会不断上传，消耗大量的网络带宽，很多流氓软件更是会从互联网上下载广告并显示在用户电脑上，有了木马清除大师防火墙，这些都不在是问题，用户可以一目了然的查看是什么程序在连接网络，网络速度是多少，然后就可以限制偷偷联网程序连接网络。 木马清除大师防火墙还会在任务栏上实时显示流量占用悬浮窗，方便用户监测网速情况。
木马清除大师防火墙V4还增加了网址拦截功能，如果有恶意或者广告网址，用户可以添加进防火墙，被拦截的网址也会实时提示用户。 防火墙不仅支持拦截单独域名，还支持拦截父域名下的所有子域名，此功能会方便用户将同一厂商的所有广告网址一网打尽。
